Родился 13 августа 1976 года в г. Ногинске в семье служащих.
После окончания школы учился в Ногинском филиале Тучковского автотранспортного колледжа.
С января 1995 года по декабрь 1996 года проходил военную службу по призыву в Вооруженных силах.
С марта 1997 года по январь 2000 года работал милиционером Отдела вневедомственной охраны при УВД Администрации Ногинского УВД ГУВД Московской области. С апреля 2000 года по декабрь 2002 года работал участковым инспектором 1-го Городского отдела милиции Ногинского УВД. В январе 2003 года перешел в «Вымпел».
В сентябре 2004 года террористы захватили в заложники учеников школы в городе Беслан (Северная Осетия). При штурме школы Денис огнем из автоматического оружия прикрывал выбегающих из школы детей.
Погиб в перестрелке с боевиками, закрыв собою раненую женщину.
Прапорщик Пудовкин Денис Евгеньевич посмертно награжден Орденом "За заслуги перед Отечеством" IV степени.